测序公司的报价单上写着转录组测序，按样本收费，价格不便宜。这东西到底测什么、能回答什么问题，下单之前最好先弄明白。

转录组指的是什么

一个细胞或组织在特定状态下，全部 RNA 转录本的集合就叫转录组。基因组是固定的蓝图，转录组是当下实际在干活的那部分，它和基因组、蛋白质组是一家人，只是看的层面不同。同一块组织的转录组会随状态变化，比如正常组织和病变组织，活跃表达的基因清单就不一样，这正是拿它做比较研究的出发点。

常规分析的流程

  • 取样提 RNA，质检合格后建库上机测序。
  • 测完的序列比对到参考基因组，算出每个基因的表达量。
  • 组间比较，找出差异表达基因。
  • 对差异基因做富集分析，看集中在哪些通路，GO 和 KEGG 是常用的两套注释。

没有参考基因组怎么办

冷门物种没有现成的参考基因组，常规比对走不通，一般改做从头组装，工作量和费用都会上去，报价单上会有单独的名目。只关心表达量，常规 mRNA 测序就够；要看可变剪接、非编码 RNA 这些细节，是另外的分析项，按需加。

下单前要确认的几件事

生物学重复一般每组至少三个样本，少了后面的统计不好做。RNA 极易降解，取样要液氮速冻、低温运输，这一步出问题后面全白搭。跟销售确认清楚套餐含不含分析、分析做到哪一步，不同档位差别很大。

拿到报告先看质控

测序量、比对率、样本间的相关性热图先过一遍，组内样本聚不到一起，说明重复性有问题，差异基因列表就要打个问号。原始数据自己也留一份，换平台重新分析用得上。差异基因几千个不稀奇，重点看富集通路和研究问题对不对得上，别只盯差异倍数最大的几个。

最后提醒：测到的是表达量变化，一起升降只说明相关，不能直接推因果，更不能当诊断依据，落地结论要靠实验验证。预算有限、只关心少数几个基因的话，qPCR 这类小实验可能更划算。